杨建华

中山大学“百人计划”人才;
2012年入选广州市“珠江科技新星”计划。
主要从事非编码RNA基因的结构和功能调控网络研究,近年来通过整合多维高通量测序和基因组学数据开发了精确、快速的新软件和新平台(starBase、StarScan、snoSeeker、tRF2Cancer、ChIPBase、deepBase和RMBase等)在人类等模式生物中实现对非编码RNA的结构、靶标组、表观转录组和转录调控网络的研究。发表的多篇研究论文被评为ESI高引用论文和杂志的Top Paper,2篇被引用超过200次,1篇研究论文入选2014年“中国百篇最具影响国际学术论文”,1篇文章被选为Cell Res.杂志的封面和亮点文章。开发的生物信息学工具受邀在Springer 和Humana两个出版社撰写书的章节和受邀为Non-coding RNA journal (MDPI publisher)杂志的编委,是Nucleic Acids Res.,Mol. Biol. Evol.,Bioinformatics,Brief Bioinform. Mol. BioSyst.等生物信息学专业杂志审稿人。
近期代表性论文:
[1] Huang ZP, Ding Y, Chen J, Wu G, Kataoka M, Hu Y, Yang JH, Liu J, Drakos SG, Selzman CH, Kyselovic J, Qu LH, Dos Remedios CG, Pu WT, Wang DZ. Long non-coding RNAs link extracellular matrix gene expression to ischemic cardiomyopathy. Cardiovasc Res. 2016 Aug 24. pii: cvw201. [Epub ahead of print]
[2] Zheng LL, Xu WL, Liu S, Sun WJ, Li JH, Wu J, Yang JH, Qu LH. tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W185-93.
[3] Liu S, Li JH, Wu J, Zhou KR, Zhou H, Yang JH, Qu LH. StarScan: a web server for scanning small RNA targets from degradome sequencing data. Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W480-6.
[4] Zheng LL, Li JH, Wu J, Sun WJ, Liu S, Wang ZL, Zhou H, Yang JH, Qu LH. deepBase v2.0: identification, expression, evolution and function of small RNAs, LncRNAs and circular RNAs from deep-sequencing data. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D196-202.




