性别: 女
职称: 教授
学历: 博士
电子邮件: xujin7@mail.sysu.edu.cn
导师类型: 博士生导师
学科方向
071007-遗传学
071010-生物化学与分了生物学
0710Z1-生物信息学

 

研究方向：课题组以单细胞测序技术为主要手段，定量细胞间群体的异质性，通过计算生物学方法，解析细胞异质性的调控机制及其生物学功能。

主要研究内容包括：

1. 以小鼠嗅觉神经元为模型，利用scATACseq、scRNAseq等单细胞组学技术，探索细胞群体表观差异如何调控神经细胞表型的异质性以及靶向连接。

2. 利用比较基因组学和功能基因组学方法，研究复杂功能的分子演化过程，以功能基因组学方法解析神经免疫系统的分子机理。 

3. 以单细胞多组学测序技术为手段，研究细胞中线粒体突变的分布、遗传规律和功能影响。

4. 基于AI生成模型的时空特异性基因表达调控元件的设计和应用。

拟招收具有分子生物学、神经生物学、进化生物学、生物信息学、统计学等相关背景硕士和博士研究生， 也欢迎有兴趣的本科生到实验室实习和毕设。

 

2027年招生招聘信息：

生物信息学/生物化学，博士研究生1名

实验室研究方向以干湿结合为主，欢迎具有良好的分子实验基础的同学申请。

博士后招聘信息：

招聘要求：

1. 在国内外已获得或即将获得博士学位，具有以下任一相关研究经验：

a. 进化生物学、群体遗传学方向。

b. 分子生物学方向：分子生物学、表观遗传学相关研究背景者；具有染色质结构、染色质修饰、单等位基因表达相关研究背景者；

c.熟悉二代测序文库、单细胞测序文库建立；熟悉流式细胞分选技术。

d.神经生物学方向：具有神经生物学研究背景；熟悉神经细胞分离、培养、体外定向分化；熟悉模式动物操作。

2.  具备良好的学术道德、沟通能力和团队合作精神。

3.  获得博士学位3年以内，年龄不超过35周岁。

4. 博士后在站期限为3年，优秀者在聘期结束后可应聘学校预聘助理/副教授等职位。

岗位待遇：

1. 基本工资年薪20～30万（税前），单位提供五险一金

2. 学校提供校内博士后公寓，按规定缴纳租金。

3. 为子女就读中山大学附属学校提供便利。

4. 协助申请广东省各类博士后人才项目。

5. 此外申请人可根据需要选择本课题组合作方单位（深圳），入站并享受相应待遇。

 

有兴趣的同学可以通过以下方式联系或申请：  

1.直接发送你的论文和简历到徐老师邮箱（xujin7@mail.sysu.edu.cn）。 

2.直接冲进徐老师办公室(曾宪梓堂北院209)，以会议报告的形式介绍你的工作。

3.悄悄来到徐老师实验室，默默参加实验室工作和活动，引起大家的关注并保证不被赶走。 

 

个人经历

2019-至今 中山大学生命科学学院，教授

2014-2019 斯坦福大学医学院，博士后（导师： Howard Y. Chang)

2008-2014 中科院北京基因组研究，生物信息学，博士（导师: Chung-I Wu）

2003-2007  东北师范大学， 软件工程，学士

 

讲授课程

专业选/必修课-生物信息学

专业选修课-表观遗传学前沿

 

学术成就

徐锦，中山大学2019“百人计划”引进人才，生命科学学院教授。主要研究方向为基因表达在演化、发育和疾病中的调控机制。以计算生物学和基因组学为手段，研究和探索了包含表观遗传学修饰、转录调控和转录后调控等多个层次的调控机制。目前已在Cell, Nature Genetics, Neuron, Cell Reports,Mol. Biol. Evol., eLife 等国际专业学术期刊发表多篇论文。

 

承担课题

微生物与宿主多组学共检测技术及分析方法开发，参与，深圳医学研究专项，2026-2027

基于早衰类器官模型的抗衰老成分筛选平台构建， 主持，中英健康与衰老联合实验室-青年学术开放基金，2025-2027

解析线粒体基因组体细胞突变遗传规律，主持，国自然面上项目，2025-2028

基于单细胞测序多组学技术的抗NMDAR脑炎早期诊断和精准治疗研究，骨干，广州市重点项目，2023-2026

mRNA可变剪切调控重编程心肌异质性的分子机制及应用研究，骨干，重点研发青年项目，2021-2026

血管神经网络调控组织干细胞在皮肤功能再生中的研究， 骨干，重点研发青年项目，2021-2026

解析小鼠嗅觉神经细胞中随机单等位表达调控元件及其调控机制，主持，国自然面上项目，2021-2024

神经退行性疾病的生物标志物研究，参与，粤港澳团队项目，2020-01--2023-12

基于deconvolution算法的神经细胞特异性表达分析软件开发，主持，广东省面上项目，2020-2022

中山大学“百人计划”启动项目 2019-2020

国家级青年人才项目 2019-2021 

 

发表论文

 

  • Yage Nie*, Chao Zhang*, Jing Tan*, Xiaoyong Chen, Wasiyu Yuan, Xinyi Luo, Chenxi Wu, Shenkai Zhou, Yongling Chen, Lulu Chen, Jiawen Yang, Tingting Huang, Yiheng Li, Qing Ma, Jin Xu. Systematic benchmarking of ambient RNA decontamination tools to advance precision in single-cell transcriptomic analysis. Nature Communications Article in Press. 2026. doi: 10.1038/s41467-026-77458-4
  • Yicong Xu*, Jiawen Yang, Wasiyu Yuan, Tao Xu, Peiyu Shi, Tingting Huang, Qing Ma, Jin Xu. Single-cell long-read profiling of olfactory sensory neuron differentiation and diversity. Communications Biology Article in Press. 2026. doi: 10.1038/s42003-026-10544-x
  • Zihao Chen*, Yage Nie*, Liying Huang*, Ni Zeng, Jixing Gong, Yichen Gao, Qiye Wen, Xiaoyong Chen, Xiaoqian Ji, Yun Li, Tian Lan, Lan Jiang, Jia Wang, Jin Xu, Nan Cao. Single-cell chromatin accessibility landscape of cardiac non-myocytes identifies tissue repair program during heart regeneration. npj Regenerative Medicine 11(1): 18. 2026. doi: 10.1038/s41536-026-00465-y
  • Tao Xu*, Yicong Xu*, Ziyang An, Yiheng Li, Jiawen Yang, Weixing Zhang, Jin Xu. Methanol fixation and tagmentation of RNA/DNA hybrids directly enable single-cell transcriptome sequencing. Frontiers in Genetics 16: 1629655. 2025. doi: 10.3389/fgene.2025.1629655
  • Weixing Zhang*, Yage Nie*, Tao Xu*, Yiheng Li*, Yicong Xu, Xiaoyong Chen, Peiyu Shi, Fang Liu, Hongxia Zhao, Qing Ma, Jin Xu# Evolutionary process underlying receptor gene expansion and cellular divergence of olfactory sensory neurons in honeybees.Mol.Biol.Evol.2025 42 (4), msaf080
  • Xin Wang*, Kun Wang*, Weixing Zhang*, Zhongjie Tang, Hao Zhang, Yuying Cheng, Da Zhou, Chao Zhang, Wen-Zhao Zhong, Qing Ma#, Jin Xu#, Zheng Hu#Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells.Genome Biology 2025 26 (1), 70
  • Xinhui Li*, Yicong Xu*, Weixing Zhang*, Zihao Chen, Dongjie Peng, Wenxu Ren, Zhongjie Tang, Huilu Li, Jin Xu#, Yaqing Shu#Immunoregulatory programs in anti‐N‐methyl‐D‐aspartate receptor encephalitis identified by single‐cell multi‐omics analysis. Clinical and Translational Medicine, 202515 (1), e70173
  • Guoqiang Zhou*, Zhenglong Gu#, Jin Xu# Single-Cell Mitochondrial DNA Sequencing: Methodologies and Applications.Mitochondrial Communications 2024.
  • Zhongjie Tang*, Weixing Zhang*, Peiyu Shi*, Sijun Li , Xinhui Li, Yueming Li, Yicong Xu , Yaqing Shu, Zheng Hu , Jin Xu#  MitoSort: Robust Demultiplexing of Pooled Single-cell Genomics Data Using Endogenous Mitochondrial Variants.  Genomics Proteomics Bioinformatics 2024.
  • Jiawen Yang,* Peiyu Shi*, Yiheng Li,  Yachao Zuo, Yage Nie, Tao Xu, Dongjie Peng, Ziyang An, Tingting Huang, Jingyi Zhang, Weixing Zhang, Yicong Xu, Zhongjie Tang, Anan Li, and Jin Xu#. Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis  Cell Reports 2024
  • Rui Zhang*, Peiyu Shi*, Shuyang Xu, Zhe Ming, Zicong Liu, Yuanyuan He, Junbiao Dai, Erika Matunis, Jin Xu#, Qing Ma# Soma-germline communication drives sex maintenance in the Drosophila testis.  National Science Review 2024
  • Min Yu*, Yage Nie*, Jiawen Yang*, Shilun Yang*, Rui Li, Varsha Rao, Xiaoyan Hu, Cheng Fang, Simeng Li, Dengpan Song, Fuyou Guo, Michael P Snyder, Howard Y Chang, Calvin J Kuo#, Jin Xu#, Junlei Chang# Integrative multi-omic profiling of adult mouse brain endothelial cells and potential implications in Alzheimer’s disease Cell Reports 2023
  • Peiyu Shi, Yage Nie, Jiawen Yang, Weixing Zhang, Zhongjie Tang, Jin Xu# Fundamental and practical approaches for single-cell ATAC-seq analysis Abiotech, 2022
  • Zhongjie Tang, Zhaolian Lu, Baizhen Chen, Weixing Zhang, Howard Y. Chang#, Zheng Hu# and Jin Xu#  A Genetic Bottleneck of Mitochondiral DNA during Human Lymphocyte Development Mol.Biol.Evol. 2022 May; 39(5)
  • Yixin Zhao ,Guang-An Lu, Hao Yang, Pei Lin, Zhongqi Liufu, Tian Tang, and Jin Xu# Run or Die in the Evolution of New MicroRNAs—Testing the Red Queen Hypothesis on De Novo New Genes. Mol. Biol. Evol. 202

Before 2020

  • Xu, Jin; Nuno, Kevin; Litzenburger, Ulrike M; Qi, Yanyan; Corces, M Ryan; Majeti, Ravindra; Chang, Howard Y.  Single-cell lineage tracing by endogenous mutations enriched in transposase accessible mitochondrial DNA.  eLife , 201
  • Cho, Seung Woo*; Xu, Jin*; Sun, Ruping; Mumbach, Maxwell R; Carter, Ava C; Chen, Y Grace; Yost, Kathryn E; Kim, Jeewon; He, Jing; Nevins, Stephanie A; et.al Promoter of lncRNA  Gene PVT1 Is a Tumor-Suppressor DNA Boundary Element.  Cell,2018
  • Xu, Jin*; Peng, Xinxin*; Chen, Yuxin; Zhang*, Yuezheng; Ma, Qin; Liang, Liang; Carter, Ava C; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I.  Free-living human cells reconfigure their chromosomes in the evolution back to uni-cellularity.  eLife,2017
  • Xu, Jin*; Carter, Ava C*; Gendrel, Anne-Valerie; Attia, Mikael; Loftus, Joshua; Greenleaf, William J; Tibshirani, Robert; Heard, Edith; Chang, Howard Y.   Landscape of monoallelic DNA accessibility in mouse embryonic stem cells and neural progenitor cells .   Nature Genetics, 2017
  • Huang, Wei-Hsiang*; Guenthner, Casey J*; Xu, Jin*; Nguyen, Tiffany; Schwarz, Lindsay A; Wilkinson, Alex W; Gozani, Or; Chang, Howard Y; Shamloo, Mehrdad; Luo, Liqun.  Molecular and Neural Functions of Rai1, the Causal Gene for Smith-Magenis Syndrome.   Neuron, 2016
  • Giorgetti, Luca; Lajoie, Bryan R; Carter, Ava C; Attia, Mikael; Zhan, Ye; Xu, Jin; Chen, Chong Jian; Kaplan, Noam; Chang, Howard Y; Heard, Edith.  Structural organization of the inactive X chromosome in the mouse.  Nature 2016 

  • Xu, Jin*; Zhang, Rui*; Shen, Yang; Liu, Guojing; Lu, Xuemei; Wu, Chung-I.  The evolution of evolvability in microRNA target sites in vertebrates.  Genome Research, 2013

     

更多发表文章请见：

https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=AbwsBU4AAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate