性别:女
个人主页:http;//epigenome.sysu.edu.cn
职称:副教授
电子邮件: zhangzhang@mail.sysu.edu.cn
学历: 博士
导师类型:博士生导师
学科方向
071010-生物化学与分子生物学
0710Z1-生物信息学
2027年招生信息：生物化学与分子生物学/生物信息学，硕士，欢迎报考！
对新入学研究生无背景要求，鼓励学科交叉。
研究方向
1. 生物信息及高通量测序方法
开发面向复杂生命体系的生物信息分析方法和高通量测序技术，解析基因组、转录组及表观转录组中的动态信息。结合机器学习与多组学分析，挖掘生命过程中的关键调控规律。
2. RNA时空动态调控机制
利用三代纳米孔长读长测序及相关计算分析方法，研究RNA分子在不同时间、空间和生理状态下的动态变化规律。解析RNA修饰、RNA稳定性、加工与功能调控之间的关系，揭示转录后调控网络在细胞命运和疾病过程中的作用。
3. 宏基因组数据挖掘和合成生物学
开展宏基因组数据挖掘与微生物资源解析，发现具有潜在功能的新型生物元件和调控元件。结合合成生物学策略，探索生物系统设计与功能改造的新方法。
招聘信息：实验室研究兴趣广泛，鼓励创新，欢迎对科学研究有着强烈兴趣的同学加入。对新入学研究生无背景要求，鼓励学科交叉。同时招聘博士后等青年科研人员，希望具有分子遗传/化学生物/合成生物学，或生物信息学/系统生物学/计算机背景，对方法学创新感兴趣，有探索新方向的志向和能力。
个人经历
2022 – 今 中山大学生命科学学院 副教授
2020 – 2022 中山大学生命科学学院 副研究员
2017 – 2020 中山大学生命科学学院 博士后 (合作导师：骆观正教授)
2012 – 2017 中山大学生命科学学院 生物化学与分子生物学 理学博士 (导师：施苏华教授)
2008 – 2012 中山大学海洋学院 海洋生物资源与环境 理学学士
讲授课程
生命起源与进化（主讲，2023-今）
表观遗传学前沿（参与，2022-今）
生命科学研讨课（参与，2022）
学术成就
长期从事RNA表观转录组学研究，致力于RNA修饰检测新技术、高通量测序方法及RNA动态调控机制的研究。在RNA修饰检测方法建立、纳米孔直接RNA测序分析以及RNA修饰功能解析方面取得系列研究成果，揭示RNA修饰在基因表达调控、RNA代谢及生命过程中的动态调控作用。成果发表于Nature Methods, Science Advances, Nature Communications等期刊，并申请多项发明专利。
主要学术成果：
1. 开发出具有单碱基精度m6A测序新方法m6A-REF-seq，引用超过450次 (Sci. Adv., 2019; Methods, 2021)。
2. 构建体外无修饰RNA文库，系统性地评估和矫正RNA修饰检测方法 (Nat. Methods, 2021)。
3. 基于纳米孔直接RNA测序，建立单分子水平的RNA修饰检测方法（Nature Communications, 2023, 2025）
承担课题
主持
广东省自然科学基金杰出青年项目 (2024-2027)
国家自然科学基金面上项目 (2023-2026)
国家自然科学基金 "青年科学基金项目" (2022-2024) 已结题
广东省基础与应用基础研究基金项目 "区域联合基金-青年基金项目" (2020-2022) 已结题
中国博士后科学基金 "面上项目" (2019-2020) 已结题
高校基本科研业务费 "青年教师培育项目" 主持 (2019-2021) 已结题
参与
国家重点研发计划-合成生物学青年项目(2022-2027)
国家重点研发计划“前言生物技术”重点专项 (2022-2027)
国家自然科学基金 "面上项目" (2019-2022) 已结题
论文专著
代表作 (按照时间顺序）
1. Zhang, Z.H., Qiu, Y.T., Cao, J. Y.,..., Zhang, Z.*, Luo, G.Z.*(2026). Heat Stress Triggers Nuclear Invagination and Spatial Compartmentalization of Protein Metabolism. Cell Proliferation.0:e70196.
2. Huang, Y.F.#, He, J.T.#, Lan, Y.L., Zhang, Z.H., Wu, F., Wang, C.L., Wang, Q.Y., Luo, G.Z.*, Zhang, Z.* (2026). Li-BrU-seq: A Low-Input and Simplified Metabolic Labeling Method for Nascent RNA Sequencing. ACS Chem. Biol. 21, 601–612.
3. Xie, Y.Y.#, Zhong, Z.D.#, Chen, H.X.#, Ren, Z.H., Qiu, Y.T., ..., Zhang, Z.*, Luo, G.Z.* (2025). Single-Molecule Direct RNA Sequencing Reveals the Shaping of Epitranscriptome Across Multiple Species. Nat. Commun. 16, 5119.
4. Zhong, Z.D.#, Xie, Y.Y.#, Chen, H.X., Lan, Y.L., Liu, X.H., Ji, J.Y., Wu, F., Jin, L., Chen, J., Mak, DW, Zhang, Z.*, Luo, G.Z.*(2023). Systematic comparison of tools used for m6A mapping from nanopore direct RNA sequencing. Nat. Communications. 14, 1906
5. Chen, L.Q., Zhang, Z., Chen, H.X., Xi, J.F., Liu, X.H., Ma, D.Z., Zhong, Y.H., ..., and Luo, G.Z.* (2022). High-precision mapping reveals rare N6-deoxyadenosine methylation in the mammalian genome. Cell Discov. 8, 1–11.
6. Zhang, Z.#, Chen, T.#, Chen, H.X., Xie, Y.Y., Chen, L.Q., Zhao, Y.L., Liu, B.D., ..., and Luo, G.Z.*(2021). Systematic calibration of epitranscriptomic maps using a synthetic modification-free RNA library. Nat. Methods 18, 1213–1222.
7. He, Z.#, Xu, S.#, Zhang, Z.#, Guo, W., Lyu, H., Zhong, C., Boufford, D.E., Duke, N.C., and Shi, S.* (2020). Convergent adaptation of the genomes of woody plants at the land-sea interface. Natl. Sci. Rev. 7, 978–993.
8. Chen, H.X., Zhang, Z., Ma, D. Z., Chen, L.Q., and Luo, G.Z.* (2021). Mapping single-nucleotide m6A by m6A-REF-seq. Methods. 10.1016/j.ymeth.2021.06.013
9. Chen, T., Li, Y., Ma, D.Z., Zhang, Z., Xi, J.F., and Luo, G.Z.* (2021). Establishment of transposase-assisted low-input m6A sequencing technique. J. Genet. Genomics 48, 8–11.
10. Zhang, Z., Chen, L.Q., Zhao, Y.L., Yang, C.G., Roundtree, I.A., Zhang, Z., Ren, J., Xie, W., He, C., and Luo, G.Z.* (2019). Single-base mapping of m6A by an antibody-independent method. Sci. Adv. 5, eaax0250.
11. Xu, S.#, He, Z.#, Zhang, Z.#, Guo, Z., Guo, W., Lyu, H., Li, J., Yang, M., Du, Z., Huang, Y., et al. (2017). The origin, diversification and adaptation of a major mangrove clade (Rhizophoreae) revealed by whole-genome sequencing. Natl. Sci. Rev. 4, 721–734.
12. Xu, S.#, He, Z.#, Guo, Z., Zhang, Z., Wyckoff, G.J., Greenberg, A., Wu, C.I., and Shi, S.*. (2017). Genome-wide convergence during evolution of mangroves from woody plants. Mol. Biol. Evol. 34, 1008–1015.
专利
1. 骆观正; 陈涛; 谢应源; 张璋; 陈鸿萱; 刘标地. 一种混样检测 RNA 修饰并实现精准定量的方法. 发明专利. 专利号：ZL202110844695.1 已授权
2. 骆观正; 陈涛; 李言; 马冬曌; 张璋; 奚剑飞. 一种采用Tn5转座酶辅助构建微量样品m6A修饰检测文库的方法及其应用. 发明专利. 专利号：ZL202110314939.5 已授权
3. 骆观正; 张璋. 一种合成无修饰RNA文库及用来校准RNA修饰检测的方法. 发明专利. 专利号：ZL202011230780.0 已授权
4. 骆观正；陈丽倩；张璋；陈鸿萱. 一种具有单碱基分辨率的核酸修饰检测方法. 发明专利. 专利号：ZL202011034485 .8 已授权
